Она уже знает в совершенстве три языка, весьма начитанна, а приобретая педагогический опыт, начинает размышлять о смысле женского образования, как такового. Она полагает, что женщине отведена в обществе важная роль – быть воспитательницей следующих поколений, а для этого женщина должна быть хорошо образована, иметь обо всем свое независимое мнение, и проявлять самостоятельность в любых житейских ситуациях. «Девочкам нужно научиться, – напишет потом Эмилия Павловна, – рассуждать обо всем здраво и логически и сравняться с мужчинами в самостоятельности своих суждений».
Свой пансион Шаффе назвала «Maison d'Education», то есть «Дом образования». Но его с таким же правом можно было назвать и домом грядущей эмансипации. Поначалу здесь было всего четыре ученицы, через полгода добавилось еще десять. Она сама вела уроки в своей школе. Учебниками здесь практически не пользовались. Они нужны были, по словам Шаффе, лишь для того, чтобы «приучить детей живому обмену мыслями с преподавателем».
Много времени уделялось прогулкам по городу, знакомству с его музеями, памятниками; уроки географии проводились на берегах Петровского острова; ботанику изучали в Ботаническом саду; при занятиях арифметикой дети не только решали задачи, но и сами составляли их.
И все-таки школа Шаффе долгое время оставалась школой гуманитарной направленности. Из точных наук девочек обучали только арифметике. Так было везде. Даже в женских гимназиях в то время ни физики, ни алгебры, ни геометрии не преподавали. А Эмилия Павловна, между тем, все больше убеждалась в необходимости точных наук для гармоничного развития ингеллекта своих учениц, для возможности им в будущем избирать профессию наравне с мужчинами. И она вводит в своей женской школе курсы физики, алгебры и геометрии. Вводит первой в Петербурге.
Но при этом ее не покидают мысли о всестороннем воспитании детей. В 1866 году при школе открылся подготовительный класс для малышей, где был осуществлен, опять же впервые, опыт предметного обучения детей по картинкам.